企业在进行MES需求分析时，如果界限划分不清晰，即便是从业务角度分析出来的需求，也将面临新的挑战。
从企业实施信息化的先后来看，MES是相对后实施的系统，因此企业在进行MES需求分析时，往往会将之前相应系统没有实现，或实现不好的功能希望通过MES来解决；同时即便是成熟的MES系统，在实施的过程中也需要结合企业的实际情况进行一定的二次开发，为MES的个性化需求开了一扇窗，套用一句俗语来反映企业在进行MES需求分析的心态“MES是个筐，什么都想往里装”，最后做出来的MES需求分析变成了四不像。
因此，MES需求分析，除了解决业务管理的需求外，划清系统边界是非常关键的（当然其他系统的需求分析也面临同样的问题）。
要划清MES与其他系统之间的关系，首先要解决的是MES可能会与哪些系统会发生关系？通常而言与MES会发生紧密关系了系统有ERP、SCM、PDM、自动化设备，其次是QIS、EMS、eHR、安全管理等。
其次，分清楚各种系统所擅长的功能，以EAM为例：MES侧重的是设备状态管理、设备维修管理、设备能力、设备使用等管理，而EAM则可实现对设备的全生命周期进行管理，包括设备采购、设备维修、设备跟踪、设备处理等。
再次，对于系统之间的关系进行切割（划清系统边界）：例如让EAM侧重于设备资料、设备维修等方面的管理，MES侧重于设备实时状态、运行效率等方面的管理。
最后，划清系统边界后，考虑清楚系统间集成的方式。
当然经过分析，由于历史等诸多原因，必然会存在切割不清晰的地方，是允许暂时双系统共存的，但要考虑好数据的一致性问题，并且明确切换的时间表。
切割清楚系统之间的边界的好处是：
首先专业系统做专业事，问题发生时，可以清楚的划分问题源头；
其次，需求目标明确，实施落地就可能有保障（可具体到某个系统的某个模块，即便要二次开发，也清晰的知道是在哪个系统中实现，而不存在两者皆可的问题，更为关键的是可以进行统筹考虑）；
最后，需求分析过程通过与业务部门讨论清楚系统切割后，让业务部门对系统有了明确的预期，而不会造成不必要的误会。
